Nestor Duarte Guimarães Neto nasceu em Salvador, no dia 14 de novembro de 1956, filho de Marcelo Ferreira Duarte Guimarães e de Amália Maria Gordilho Duarte Guimarães, é casado com Verônica Viana Coelho Duarte Guimarães e pai de Juliana e Marcelo.
O avô, jurista e político, foi deputado constituinte em 1934 e em 1946, e autor do livro. A ordem privada e a organização política nacional. O pai ocupou uma cadeira na Assembleia Legislativa da Bahia de 1967 a 1969, foi vice-prefeito de Salvador na gestão de Mário Kertesz (1986-1989), secretário de Justiça e Direitos Humanos da Bahia no governo Nilo Coelho (1989-1991).
Seguindo a tradição jurídica e política da família, aos 19 anos Nestor Duarte filiou-se ao Movimento Democrático Brasileiro (MDB), partido de oposição ao regime militar instaurado no país em abril de 1964. Bacharel em ciências jurídicas e sociais pela Faculdade de Direito da Universidade Federal da Bahia (UFBA), em 1981, atuou no movimento estudantil, participando do congresso de reconstrução da União Nacional dos Estudantes (UNE) realizado em 1979.
Ainda durante o curso universitário deu início à carreira política, elegendo-se deputado estadual pela legenda do MDB em novembro de 1978. Em novembro de 1986 tornou-se deputado federal constituinte.
Com a promulgação da nova Carta Constitucional, em 5 de outubro de 1988, integrou-se aos trabalhos legislativos ordinários e entre 1989 e 1990 assumiu a vice-presidência da Comissão de Agricultura e Política Rural da Câmara dos Deputados. Titular da Comissão de Economia, Indústria e Comércio, e suplente da Comissão de Constituição e Justiça e de Redação, liderou a bancada baiana de 1990 a 1991.
Nas eleições de outubro de 1990 reelegeu-se deputado federal, e tomou posse em fevereiro de 1991. Titular das comissões de Relações Exteriores, de Constituição e Justiça e de Redação, e da Comissão Mista de Planos, Orçamentos Públicos e Fiscalização, além de suplente da Comissão de Defesa do Consumidor, Meio Ambiente e Minorias.
Na sessão da Câmara dos Deputados de 29 de setembro de 1992, votou a favor da abertura do processo de impeachment do então presidente Fernando Collor de Melo, acusado de crime de responsabilidade por ligações com um esquema de corrupção liderado pelo ex-tesoureiro de sua campanha presidencial Paulo César Farias. Afastado da presidência logo após a votação na Câmara, Collor renunciou ao mandato em 29 de dezembro de 1992.
Em 2005, foi nomeado secretário municipal dos Transportes e Infra-estrutura (SETIN), de Salvador, durante o governo do prefeito João Henrique (2005-), cargo que Nestor Duarte ocupou até maio de 2007.e, em 2011, a convite do então Governador do Estado, Jaques Wagner, assumiu - para instalar a recém-criada Secretaria de Administração Penitenciária e Ressocialização - o cargo de Secretário de Estado, que continua a exercer, atendendo a convite do atual governador Rui Costa.
O Secretário é detentor de numerosos títulos e condecorações estaduais e nacionais, dentre as quais, a "Medalha Thomé de Souza", concedida pela Câmara Municipal de Salvador e a "Medalha 2 de Julho", outorgada pela Assembleia Legislativa do Estado.